Okulumuz 2011-2012 Eğitim öğretim yılının 2. dönemi içerisinde yeni binasına taşınarak 8000 metrekare alanıyla Mersin'in en büyük ilköğretim okulu olarak çağdaş ilkeler doğrultusunda geleceğin bireylerini yetiştirmek gayesiyle hizmet vermeye başlamıştır.

   Okulumuz, 8 yıllık ilköğretim kanununun çıkmasıyla 01 Temmuz 1998 tarihinde, Mersin Ortaokulu ile Üç Ocak İlkokulu'nun birleştirilmesiyle kurulmuştur. Okulumuzun adı, Mersin Ortaokulu'nun Mersin'i ile Üç Ocak İlkokulu'nun ismini alarak Mersin Üç Ocak İlköğretim Okulu olmuştur.

   Okulumuz eski yerinde iken 4 ayrı binadan oluşmaktadır. Birinci bina, eski Mersin Ortaokulu binası olup Mağazalar Polis Karakolu karşısındadır. 1905 yılında Kapusen rahipleri tarafından kilise lojmanları olarak taştan yapılmıştır. 1922 yılında Mersin'in Fransız işgalinden kurtulmasıyla kilise tarafından okul olmak kaydı ile hazineye bağışlanmıştır. Bina 1923 yılında Cumhuriyet İlkokulu olarak kullanılmış, 1928 yılında şimdiki Borsa Sarayı'nın yerindeki eski binaya taşınmasıyla Mersin Ortaokulu olarak kullanıma açılmıştır. 1945 yılında Mersin Lisesi'nin (şimdiki Tevfik Sırrı Gür Lisesi) açılmasıyla taşınmıştır. 1945-1966 yılları arasında Sanat Enstitüsü olarak hizmet vermiş, 1966 yılında Endüstri Meslek Lisesi'nin yeni binasına taşınması ile ikinci kez Mersin Ortaokulu adıyla kullanıma açılmıştır. 1998 yılından itibaren Mersin Üç Ocak İlköğretim Okulu olarak hizmet vermeye devam etmiştir.

   İkinci bina ise ana binanın hemen yanında olup aynı tarihlerde yapılmıştır.

   Üçüncü bina ise eski 5 Ocak İlkokulu'dur. Bu bina Kapusen rahipleri tarafından yapılmıştır. 1923 yılında Resmi Kız Okulu, 1934 yılında Fransız Konsolosluğu, 1941 yılında Çocuk Esirgeme Kurumu, 1944 yılında ise Yuva İlkokulu olarak kullanılmış ve 1945 yılında 5 Ocak İlkokulu adını almıştır. 1974 yılında ise Mersin'in kurtuluşunun 3 Ocak olması nedeniyle okulun adı 3 Ocak İlkokulu olarak değiştirilmiştir. 

   Dördüncü binası ise 1955 yılında Kızılay ve Yardım Sevenler dernekleri tarafından taş bina olarak yapılmıştır. Uzun süre Orman Bölge Müdürlüğü olarak kullanılmış olup, daha sonra Zirai Donatım Kurumu ve Veteriner Müdürlüğü olarak hizmet vermiştir. 1972 yılında Mersin Ortaokulu'na kiralanmış olup, 1998 yılına kadar Mersin Ortaokulu ek binası olarak kullanılmıştır.

   Okulumuz şu anda tek bina olarak eski otogar yanındaki 40 derslikli binasında eğitim öğretime devam etmektedir.